2005年北京高考“状元”陈秀野拒绝清华远投香港科技大学引发“北大清华顶尖生源流失”的讨论。
2006伊始，众多网民在网上撰文：“香港大学将北大、清华扫为二流大学”，原因是香港大学频频从内地大学挖走优秀师资，并以丰厚的奖学金吸引着众多生员的眼球。而最近中国博客掀起的“中国科技大讨论”，众多人则将矛头指向了北大、清华的教学制度，加之数学大师丘成桐对北大的质疑，突然间，北大、清华这些名校被置于风口浪尖，有关 “一流大学”的品牌内涵成了众多人议论的焦点。一个不容忽略的问题是，作为百年名校的北大、清华，他们的声誉已经遭到多方质疑。对于它的未来走向说法多多，很多人更是担心他们作为中国一流大学的地位不保，或者与一流大学名不符实。
